تاریخچه :

سیر تاریخی مرقد حضرت فاطمه معصومه (س) در طول دوره‌های مختلف دستخوش تغییراتی بوده‌است. در سال ۶۰۵ هجری «امیر مظفر احمد بن اسماعیل» بزرگ خاندان آل مظفر، بزرگ‌ترین استاد کاشی‌ساز آن زمان «محمد بن ابی طاهر کاشی قمی» را به‌کار ساخت و پرداخت کاشی‌های متنوع مرقد واداشت. او به مدت هشت سال به این کار مشغول بود تا سرانجام در سال ۶۱۳ کاشی‌های مرقد آماده و کار گذاشته شد.
به نوشته شاردن، سیاح فرانسوی عصر صفوی، در کتیبه سردر بنا کلمه «مشتاق درک» جهت ثبت سال بنا درج شده بود که به حساب ابجد ۱۰۶۵ (زمان سلطنت شاه عباس دوم) می‌شود.
در سال ۱۳۰۱ خورشیدی آرامگاه برای نخستین بار مجهز به چراغ برق شد. با تصویب مجلس، موتور برق کاخ سلطنتی که به‌تازگی با موتور دیگری جایگزین شده بود به این آرامگاه واگذار شد.
در سال ۱۳۷۷ شمسی مرقد به شکل جدید که آمیخته‌ای از کاشی و سنگ است تجدید بنا شد و همچنین دیواره‌های داخلی با سنگ مرمر سبز آراسته گردید.

زیارتنامه

برخلاف برخی از زیارت‌نامه‌هایی که برای معصوم‌زادگان و امام‌زادگان انشاء شده، دربارهٔ حضرت فاطمه معصومه (س) این نکته حائز اهمیت است که زیارتنامه‌اش از ناحیه حضرت علی بن موسی الرضا (ع) نقل شده‌است.
زیارتنامه حضرت فاطمه معصومه (س) در سال ۱۳۹۸ برای نخستین بار در کتابخانه مرکزی آستان قدس رضوی با دستخط حضرت علی بن موسی الرضا (ع) بازآفرینی شده‌است. این زیارتنامه، با دستخط منسوب به حضرت علی بن موسی الرضا (ع) که از روی قرآن شماره ۱۵۸۶ کتابخانه مرکزی آستان قدس رضوی منسوب به وی اقتباس شده بازآفرینی شده‌است.

ضریح

در سال ۹۶۵ هجری شاه طهماسب صفوی، در چهار طرف مرقد ضریحی آجری آراسته به کاشی‌های هفت رنگ و کتیبه‌های معرق بنا نمود و در اطراف آن منافذی باز بود تا هم مرقد دیده شود و هم زائران نذورات خود را داخل ضریح بریزند.
در سال ۱۲۳۰ هجری قمری فتحعلی شاه همان ضریح را نقره پوش کرد که این ضریح به مرور زمان فرسوده شد و در سال ۱۲۸۰ ضریحی که از نقره ضریح سابق و نقره‌های موجود در خزانه ساخته شده بود به جای آن نصب گردید.
این ضریح چندین مرتبه تجدید بنا و اصلاح شد و سال‌های متمادی روی مرقد حضرت فاطمه معصومه (س) باقی بود تا این که در سال ۱۳۶۸ هجری شمسی به دستور تولیت آن زمان، شکل ضریح را تغییر دادند و ضریحی را با ظرایف هنری ویژه‌ای به جای آن نصب نمودند که آن ضریح همچنان برفراز قبر حضرت فاطمه معصومه (س) برقرار است و در اسفند ماه ۱۳۸۰ شمسی، اصلاحات و تعمیرات جدید صورت گرفت. تمام قسمت‌های نقره‌ای ضریح از نقره ۹۲ درصد با نقره ۱۰۰ درصد خالص خریداری شده از بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران تعویض شد و چوب‌های زیر آن اعم از ستون و پایه و… به دست استادان اصفهانی ساخته و قلم‌زنی شد و کارشناسان آستانه مقدسه (قسمت نقره‌ای) آن را تعویض کردند و ضریح سابق فرسوده شده را به خزانه تحویل دادند.
علاوه بر گنبد، ساخت و سازها در ساخت و تزئین مرقد نیز دوران‌های مختلفی را گذرانده‌است. گرداگرد مرقد (قبر) حضرت فاطمه معصومه (س)، دیوارهایی به ارتفاع دو متر با کاشی‌کاری که در سال ۹۵۰ بنا شده‌است پوشیده شده؛ این دیواره را اکنون می‌توان در درون ضریح مشاهده کرد. در سال ۶۰۵ امیرمظفر احمد بن اسماعیل —بزرگ خاندان آل مظفر— محمد بن ابی ظاهر کاشی را که بزرگترین کاشی‌ساز آن زمان بود، مأمور تهیه و نصب کاشی در مرقد حضرت فاطمه معصومه (س) نمود. محمد بن ابی طاهر هشت سال مشغول این کار شد تا آنکه در سال ۶۱۳ کاشی‌های مرقد نصب شدند. در سال ۹۶۵، شاه تهماسب در چهار طرف مرقد، ضریحی آجری بنا کرد و آن را با کاشی تزئین نمود. منافذی نیز در دیوار جهت دیده شدن مرقد طراحی شده بود. سپس به دستور شاه تهماسب، برای مرقد، ضریحی از فولاد سفید ساخته شد و در جلوی ضریح آجری سابق قرار گرفت. طول این ضریح ۲۵٫۵ و عرض آن ۷۳٫۴ و ارتفاعش ۱۰٫۲ متر بود. در سال ۱۲۳۰ قمری، فتحعلی شاه قاجار همان ضریح را نقره‌پوش کرد. در سال ۱۲۸۰ ضریحی جدید از آب کردن ضریح سابق تهیه شد و نصب گردید. این ضریح تا سال ۱۳۶۸ قمری (مصادف با ۱۳۴۸ شمسی) بر روی مرقد نصب بود تا آنکه در سال ۱۳۶۸ قمری ضریح جدیدی ساخته و نصب گردید که هم‌اکنون نیز نصب می‌باشد.

گنبد

اولین گنبدی که «پس از سایبان حصیری موسی بن خزرج» برفراز قبر حضرت فاطمه معصومه (س) بنا شد، قبه‌ای برجی شکل بود که به همت زینب دختر محمد تقی از مصالح آجر و سنگ و گچ در اواسط قرن سوم هجری ساخته شد. به مرور زمان و پس از دفن بعضی از زنان علوی در جوار فاطمه معصومه دو گنبد دیگر در کنار گنبد اول ساخته شد. این سه گنبد تا سال ۴۴۷ هجری ی برقرار بودند تا این که در همان سال «میر ابوالفضل عراقی» (وزیر طغرل کبیر) به تشویق شیخ طوسی به جای آن سه گنبد، گنبد مرتفعی، آراسته به نقش‌های رنگ آمیزی و تزیینات آجری و کاشی بدون ایوان و حجره بنا نهاد، که تمام قبور سادات و آن بانوان را فرا می‌گرفت.
در سال ۹۲۵ هجری قمری همین گنبد به همت «شاه بیگی بیگم» همسر شاه اسماعیل تجدید بنا و سطح خارجی گنبد با کاشی‌های معرق آراسته گردید. ضمناً ایوان رفیع با دو مناره در صحن عتیق ساخته شد. نهایتاً در سال ۱۲۱۸ هجری همزمان با سلطنت فتحعلی شاه قاجار گنبد با خشت‌هایی طلایی تزیین شد که تا سال ۱۳۷۹ شمسی باقی‌ماند. در سال ۱۳۸۰ به علت تخریب ظاهر گنبد و جهت جلوگیری از وارد شدن صدمات دیگر به ساختمان گنبد توسط تولیت آستانه مقدسه، مسعودی خمینی جهت بازسازی و تعمیرات اساسی گنبد حرم اقدام شد و خشت‌های طلایی سابق جمع‌آوری گردید. پس از بازسازی و تعمیرات اساسی که با هزینه‌ای بالغ بر ۲۵ میلیارد ریال بر روی گنبد صورت گرفت، پرده برداری از گنبد جدید در تاریخ 1384/6/2 هجری شمسی به دست محمد تقی بهجت انجام شد.

قبه برجی شکلی که زینب از آجر و سنگ و گچ بر فراز قبر فاطمه معصومه ساخته بود در اواسط قرن سوم هجری قمری ساخته شده و به مرور زمان با دفن سایر زنان علوی، دو گنبد دیگر در کنار گنبد آجری بنا شد. این سه گنبد تا سال ۴۷۷ پابرجا بود تا آنجا که میر ابوالفضل عراقی (وزیر طغرل کبیر) به تشویق شیخ طوسی، به جای سه گنبد قدیمی، گنبدی رفیع به قطر ۱۱ و ارتفاع ۱۴ متر ساخته شد؛ این گنبد، با نمای کاشی‌کاری و آجرهای تزئینی بود و هیچگونه ایوان و حجره‌ای نداشت. این گنبد در سال ۹۲۵ با تلاش شاه بیگی بیگم (دختر شاه اسماعیل صفوی) تجدید بنا شد و یک ایوان، دو مناره و یک صحن به بنا اضافه گردید. همین گنبد در سال ۱۲۱۸ قمری با دوازده هزار خشت طلاکاری شده تزئین گردید. ارتفاع این گنبد از سطح بام ۱۶ متر و از سطح زمین ۳۲ متر می‌باشد. در گلوگاه ساق گنبد اشعاری از فتحعلی خان صبا به خط نستعلیق نقش بسته‌است. اشعار به شرح زیر است:

آتش موسی عیان از سینه سیناستی              یا که زرّین بارگاه بضعه موساستی
بضعه موسی بن جعفر، فاطمه کز روی قدر        خاک درگاهش عبیر طرّه حوراستی
نوگلی رنگین ز طُرف گلشن یاسین بود             آیتی روشن به صدر نامه طاهاستی
پرتوی از آفتاب اصطفای مصطفی                   زُهره ای از آسمان عصمت زهراستی
صحن او را هست اقصی پایه عزّت چنان           کز شرف مسجود سقف مسجد اقصاستی
پستی از صحن حریمش را به پاتاق حرم            کین مکان عزّت و آن مسکن غبراستی

ماده تاریخی تذهیب گنبد

محمدصادق ناطق اصفهانی در تاریخ تذهیب این گنبد هم قصیده‌ای شامل شصت و دو بیت سروده‌است که تمام مصراع‌های آن یعنی یکصد و بیست چهار مصراع هریک تاریخ ۱۲۱۸ دارد که تاریخ تذهیب گنبد مزبور است و حتی عناوینی که برای این قصیده انتخاب کرده همگی ماده تاریخ همان تاریخ یعنی ۱۲۱۸ می‌باشد. این قصیده که به عنوان قصیده معجزیه نامگذاری شده‌است با بیت زیر شروع می‌گردد:

این قبه گلبنی است بزیور برآمده                   یا پاک گوهریست پر از زیور آمده

پادشاهان مدفون در حرم

چهار پادشاه از صفویان از جمله شاه عباس دوم و شاه صفی یکم، دو پادشاه از قاجار، و همچنین تعدادی از شاهزادگان قاجار در مسجد شاه واقع در حرم فاطمه معصومه دفن شده‌اند. این مسجد در کنار ضریح فاطمه معصومه قرار دارد.

پادشاهان صفوی

شاه عباس دوم و شاه صفی یکم کنار یک دیگر در قسمت بیرونی و کنار ضریح دفن شده‌اند؛ شاه عباس دوم در قسمت مردانه آن ور خطی که مردان و زنان را جدا می‌کند دفن شده و شاه صفی یکم آن ور خط در قسمت زنانه دفن شده‌اند.
اما شاه سلطان حسین و شاه سلیمان یکم صفوی در سمت جنوب غربی حرم (رواق جنوبی) چسبیده به یک دیگر دفن شده‌اند.
این قبرها تماماً در سال ۱۳۶۳ شمسی به دستور صادق خلخالی حاکم شرع و رئیس تمام دادگاه‌های ایران صاف شده از هر چهار قبر فقط یک کاشی بزرگ به جای مانده و حتی از بین این چهار دو قبر را زیر فرش انداختند.
سنگ قبر تمامی این قبرها در موزه آستانه مقدسه قم نگه داری می‌شود :
شاه صفی
مقبره شاه عباس دوم
شاه سلیمان
شاه سلطان حسین

پادشاهان قاجار

پادشاهان قاجار در ضلع شمالی صحن عتیق دفن شده‌اند. سنگ قبرها برداشته شده و اکنون در موزه نگهداری می‌شوند.
فتحعلی‌شاه قاجار این قبر بسیار ضریح بزرگی داشته و روبروی ایوان طلای حرم است در این آرامگاه بزرگ میرزا حسن مستوفی‌الممالک آشتیانی هم دفن شده‌است.
محمدشاه قاجار در جلوی دو پادشاه صفوی شاه سلطان حسین و شاه صفی یکم و در قسمت ورودی حرم سه قبر دفن شده مهدعلیا در سمت چپ و محمدشاه در وسط و منوچهر معتمد الدوله حاکم اصفهان در سمت راست هر سه قبر صاف شده و زیر فرش هستند.

شاهزادگان و حکمرانان قاجار

مهدعلیا (مادر ناصرالدین‌شاه قاجار)
منوچهر معتمدالدوله (حکمران اصفهان)
قهرمان میرزا (فرزند عباس میرزا) در میان قبر فتحعلی‌شاه و راهروی صحن
میرزا حسن مستوفی‌الممالک آشتیانی